Il 27 maggio 1703 lo Zar Pietro il Grande fondò ufficialmente la città di San Pietroburgo, sul delta della Neva.
Alessandro di Novgorod sconfisse gli svedesi presso la foce della Neva nel 1240, guadagnandosi il titolo di Nevkij. Gli svedesi ripresero il controllo della regione nel XVII secolo ma furono spodestati da Pietro il Grande che aveva l'intenzione di fare della Russia una potenza europea iniziando proprio dalla fondazione di questa città.
All'inizio della Grande Guerra del Nord (1700-1721), Pietro si impadronì degli avamposti svedesi sulla Neva, e nel 1703 fondò la Fortezza dei SS. Pietro e Paolo sul fiume, a pochi chilometri dal mare. Quando Pietro il Grande sconfisse definitivamente gli svedesi a Poltava nel 1709, la città, che secondo l'usanza olandese chiamò Sankt Pieter Burkh, cominciò a crescere. Vennero scavati i canali per bonificare le paludi della sponda meridionale e, nel 1712 Pietro il Grande la proclamò capitale, obbligando i funzionari di corte, i nobili e i mercanti a trasferirvisi e a costruire nuove case. Molti contadini vennero costretti a prendere parte ai lavori, e parecchi di loro persero la vita per le terribili condizioni in cui versavano. Architetti e artigiani di tutta Europa furono chiamati in città. Alla morte di Pietro il Grande nel 1725, la popolazione cittadina era cospicua e il 90% del commercio con l'estero passava di qui.
Il nome originale Sankt Piter burkh era in realtà olandese perchè Pietro il Grande aveva vissuto e studiato in quel paese per un periodo di tempo ed era un ammiratore della corte e dell'architettura olandese.
Il successore di Pietro il Grande riportò la capitale a Mosca, da dove fu nuovamente trasferita a San Pietroburgo dall'imperatrice Anna Ivanovna (1730-1740). Tra il 1741 e il 1825, sotto la corte di Elisabetta, Caterina la Grande e Alessandro I, la città divenne cosmopolita ed ebbe una corte di noto splendore. Questi monarchi commissionarono molti palazzi, edifici governativi e chiese, rendendo San Pietroburgo una delle più importanti capitali d'Europa.
L'emancipazione dalla schiavitù nel 1861 e l'industrializzazione, che ebbe il suo culmine nell'ultimo decennio del XIX secolo, portarono in città una grande ondata di lavoratori poveri, con conseguente sovraffollamento, scarsa igiene, epidemie e un diffuso malcontento. San Pietroburgo divenne un focolaio di scioperi e violenze politiche e fu il fulcro della rivoluzione del 1905, scatenata dalla Domenica di Sangue (9 gennaio 1905), quando una marcia di protesta degli scioperanti contro lo zar venne repressa nel sangue dall'esercito. Nel 1914, a seguito di un'ondata di patriottismo dovuta allo scoppio della Prima Guerra Mondiale, il nome della città fu cambiato in Petrograd, molto più "russo". Contava allora 2 milioni di abitanti.
Anche nel 1917 Petrograd fu la culla della rivoluzione. Proprio qui le proteste dei lavoratori portarono a uno sciopero generale, all'ammutinamento dei soldati e alla fine della monarchia in marzo. Il soviet di Petrograd, dove si radunavano i lavoratori e i soldati con le loro richieste, cominciò a riunirsi nel Palazzo Tauride della città, accanto alla sede del Governo provvisorio riformista. In aprile Lenin si recò a Petrograd per organizzare il Partito Bolscevico e la rivoluzione vera e propria scoppiò dopo che i bolscevichi si furono impadroniti delle posizioni chiave di Petrograd il 24 ottobre. Il nuovo governo ebbe qui la sua sede fino al marzo del 1918, quando si trasferì a Mosca per il timore di un attacco tedesco.
La città assunse il nome di Leningrado dopo la morte di Lenin nel 1924 e divenne il fulcro del programma stalinista d'industrializzazione degli anni 30. Nel 1939 contava 3 milioni di abitanti e l'11% della produzione industriale dei soviet. Il timore che Stalin nutriva nei confronti della potente base operaia rivale portò nel 1934 all'assassinio del capo locale Sergeij Kirov, assassinio che segnò l'inizio delle purghe dal Partito Comunista.
Quando i tedeschi attaccarono l'URSS nel giugno del 1941, impiegarono solo due mesi e mezzo a raggiungere Leningrado. Essendo stata il luogo di nascita del bolscevismo, Hitler la odiava e si riproponeva di cancellarla dalla faccia della terra. Le truppe tedesche assediarono Leningrado dal settembre del 1941 al gennaio del 1944 e si calcola che, anche se molti furono evacuati, da 500.000 a un milione di persone morirono a causa dei bombardamenti, della fame e delle malattie. Per fare un paragone, basti pensare che le perdite complessive inglesi e statunitensi nella seconda guerra mondiale ammontano a circa 700.000 persone.
Dopo la guerra Leningrado fu ricostruita e riprese a vivere, anche se solo nel 1960 la città tornò ad avere un numero di abitanti pari a quello di prima. Oggi San Pietroburgo è tornata a essere la finestra russa sull'Europa ed è una città cosmopolita, culturalmente e artisticamente attiva e vivace. Le imprese, sia russe sia straniere, vi mettono radici visto che San Pietroburgo è il porto più grande della Russia, un grande centro industriale e una vera e propria città internazionale. Per la prima volta da quasi un secolo, gli abitanti di San Pietroburgo vivono in una città insieme splendida e ben approvvigionata.
Dal 24 maggio al primo giugno 2003 San Pietroburgo ha festeggiato i suoi trecento anni. L'evento ha mostrato una città rinnovata e artisticamente illuminata dopo una ristrutturazione di proporzioni immense che nulla ha trascurato: musei, chiese, palazzi, alberghi, infrastrutture e nodi di trasporto.
