Il 21 marzo 1963 venne chiuso da parte del dipartimento americano di giustizia il penitenziario federale di Alcatraz, a causa degli alti costi di gestione, visto che era necessario trasportare sull'isola ogni bene necessario (cibo, vestiti, acqua potabile ecc.).
La piccola isola di Alcatraz venne scoperta (se così si può dire) ed esplorata dallo spagnolo Juan de Ayala nel 1755. Fu sempre lui che la chiamò Isla de los Alcatraces (isola dei pellicani) a causa del gran numero di questo tipo di uccelli presenti in tutta l'isola. Un altro nome comunemente dato all'isola è The Rock a causa della sua conformazione quasi esclusivamente rocciosa.
L'isola, dopo varie vicissitudine, venne ben presto fortificata ed usata, dal 1850 come prigione militare. Nel 1933 l'isola venne acquistata dal Dipartimento di Giustizia, ristrutturata (i lavori durarono oltre un anno) ed adibita a prigione federale. L'inaugurazione avvenne il 12 ottobre 1933.
Ad Alcatraz venivano solitamente reclusi i prigionieri problematici che avevano tentato la fuga o particolarmente violenti. La vita all'interno del penitenziario aveva regole proprie, diverse da quelle degli altri luoghi di detenzione. Ad esempio i prigionieri vivevano circa 23 ore racchiusi nella loro cella. I prigionieri a cui veniva concesso (ma dovevano meritarselo con la disciplina) di lavorare passavano invece solo 18 ore nella loro cella. I prigionieri che creavano problemi venivano rinchiusi in celle di isolamento prive di barre o finestre. L'unico punto di di aggregazione, nel quale poteva di fatto esserci un minimo di vita sociale era la sala mensa. Proprio in questa sala si concentravano la maggior parte delle paure della sorveglianza (anche se in realtà non successe mai nulla). Ad esempio in sala mensa era tassativamente proibito parlare e nel soffitto c'erano dei dispositivi in grado di rilasciare gas in caso di problemi. In compenso la qualità e la quantità del cibo era piuttosto buona se paragonata a quella degli altri istituti di pena. Non a torto si riteneva che la qualità del cibo consentisse di migliorare il clima dei detenuti. Le guardie giravano non armate ma i detenuti erano costantemente tenuti sotto tiro da altri guardiani attraverso delle piccole feritoie che consentivano loro di guardare all'interno.
I tentativi di evasione che si sono verificati durante i 29 anni di attività sono infatti quasi sempre terminati con la cattura dei fuggitivi al di fuori delle mura del penitenziario o con la morte dei fuggitivi.
Uno dei tentativi di fuga da Alcatraz, che entrò nella storia, riguarda la famosa Battaglia di Alcatraz, una rivolta scatenatasi il 2 maggio 1946 e terminata due giorni dopo con la morte di tre prigionieri (autori della rivolta) e di due guardie. Gli autori di questa rivolta (Bernard Coy, Marvin Hubbard, Joe Cretzer – uccisi durante la rivolta - Sam Shockley, Miran Thompson e Clarence Carnes – sopravvissuti), armati, non vedendo possibilità di fuga intrapresero una sanguinosa lotta contro le guardie carcerarie, assistite da alcune unità della Polizia di San Francisco, della Guardia costiera, dell'Aeronautica militare e dei Marines. L'uccisione di due guardie prese in ostaggio provocò la reazione di tutta la prigione che si scatenò sulle forze dell'ordine per avere la meglio. La rivolta terminò due giorni dopo, quando i Marines, aiutati da un carcerato riuscirono a sedare i prigionieri. Dopo la morte dei tre autori, furono arrestati e processati gli altri tre, dei quali Carnes fu risparmiato, mentre Shockley e Thompson furono condotti a San Quentin per essere giustiziati in camere a gas, il 3 dicembre 1948.
Il caso più famoso di fuga da Alcatraz riguarda invece i detenuti Frank Morris ed i fratelli John e Clarence Anglin, che l'11 giugno 1962 riuscirono ad uscire dalle loro celle, attraverso l'impianto di ventilazione (lasciando dei manichini da loro costruiti sulle brande per cercare di camuffare il più a lungo possibile la fuga) e ad arrivare, servendosi di giubbotti di salvataggio fatti di impermeabili, fino alla costa, dove fecero perdere definitivamente le loro tracce. Alla fuga avrebbe dovuto anche partecipare un quarto carcerato, Allen West. Quest'ultimo ebbe la sfortuna di essere più grande del buco che aveva costruito, quindi fu costretto a restare in cella. Nessuno ebbe più notizie dei tre fuggitivi e la direzione del carcere, non avendone però mai ritrovato i corpi, negò fermamente la possibilità che fossero riusciti a fuggire dall'isola (e, soprattutto, ad attraversare a nuoto il gelido tratto della baia di San Francisco). Pare che i tre, nel corso di svariati mesi di continuo ed estenuante lavoro, utilizzando un semplice cucchiaio da cucina, riuscirono a realizzare un tunnel sufficientemente largo e profondo da consentire di raggiungere il condotto dell'aria. A questo episodio è ispirato il film Fuga da Alcatraz, con protagonista Clint Eastwood.
Degna di nota è l'occupazione, ad opera di un gruppo di indiani d'America, che avvenne tra il 29 novembre 1969 e l'11 giugno 1971. L'occupazione avvenne con l'intento di chiedere al Governo la costruzione nell'isola di un centro culturale e di una Università dedicata agli indiani. L'intento di attirare l'attenzione pubblica venne facilmente raggiunto, ma dissidi interni ed il pugno ferreo dell'amministrazione locale portò, alla fine, ad un nulla di fatto.
Oggi l'isola ed il suo penitenziario sono un sito storico e sono visitabili dai turisti (ne vale la pena) che la possono raggiungere con il traghetto partendo da Fisherman's Wharf.
